3D 세그먼트란?
“Segment : 부분, 나누다, 분할하다”
3차원 영상데이터 내에서 관심있는 구조(예: 장기,조직)를 픽셀(2D), 복셀(3D)단위로 구분하는 과정.
이를통해 해당 구조의 정확한 형태, 크기, 위치 등을 파악할 수 있으며, 질병의 진단, 치료계획수립, 수술 시뮬레이션 등에 활용된다.
의료영상분석에서 매우 중요한 기술 중 하나이다.

박스 하나를 3 x 3 x 3 = 27개로 나눈 모습이다. (Length, width, height = 3, 3, 3)
3D 의료영상
CT, MRI 같은 장비를 통해 얻은 3차원의 의료영상 데이터.
각 영상은 2D 슬라이스의 집합으로 형성되며, 3차원 구조이다.
복셀(Voxel)
3D영상에서 한 픽셀에 해당하는 3차원 단위. 각 복셀은 3차원 공간내에서 특정 위치의 값을 가진다.
의료 사용 예시)
MRI 영상에서 뇌의 특정부위(회백질,백질 등)를 정밀하게 분리해내어 뇌의 구조적 특성을 분석하거나, 종양의 위치와 크기를 정확히 파악하는 것 등등...
기본 원리
예를들어 뇌 MRI 영상에서, 뇌 영상을 작은 3차원픽셀인 복셀단위로 분리하여, 각 복셀이 종양인지 정상조직인지 분류한다. 이 과정으로 영상내의 정확히 어느부분이 이상이있는지, 종양의 위치, 크기, 형태 등을 정밀하게 분석할 수 있다.
1. 데이터셋
: 영상취득 : 환자 뇌의 MRI영상을 취득한다. 뇌의 3차원구조를 복셀단위로 표현한 데이터셋을 준비한다.
2. 전처리
: MRI영상은 노이즈제거,표준화,정규화 등의 전처리를 거친다. 이는 영상의 품질을 향상시키고, 세그먼테이션 알고리즘을 더 효과적으로 적용하기 위한 준비작업이다.
3. 세그먼테이션
: 딥러닝 알고리즘, 예를들어 3D U-Net모델로 각 복섹이 종양인지 정상조직인지 분류한다. 모델은 각 부분의 특징을 학습하고, 이를 바탕으로 각 복셀의 라벨(종양, 정상조직 등)을 예측한다.
4. 활용
: 세그먼테이션 결과는 질병의 진단, 치료, 수술계획 등에 활용되며, 종양의 정확한 위치와 크기정보는 치료의 정밀도를 높일 수 있다.

3D 세그먼테이션을 위한 딥러닝 모델
U-Net의 3D버전, 3D CNN, V-Net 등등..
해당 모델들은 3차원 데이터의 깊이 정보를 효과적으로 처리할 수 있게 설계되었다.
3D U-Net
: U-Net 아키텍처의 3D확장버전, 대칭적인 구조를 통해 영상의 깊이정보를 포함한 특징을 추출하고 세그먼테이션을 수행한다.
V-Net
: 의료영상 세그먼테이션을 위해 특별히 설계된 네트워크로, 복잡한 3D구조를 효과적으로 학습한다.
3D 세그먼테이션의 활용방안
- 질병진단 : 종양, 뇌졸증, 관절염 등의 질병에 걸린 환자들을 기준으로, 영향을 받고있는 조직의 변화를 정밀하게 분석
- 치료계획 : 방사선 치료계획, 수술 전 계획수립 등에 활용되며, 치료의 정확성과 효율성을 높인다.
- 추적관찰 : 장기적 치료과정에서 종양의 변화를 정밀하게 추적관찰하여, 치료방법조정, 예후판단을 한다.
- 수술 시뮬레이션 : 실제 수술전에 3D 세그먼테이션을 통해 얻은 모델을 사용하여, 시뮬레이션을 진행, 수술결과를 예측하고 위험을 최소화한다.
3D 세그먼트로 나눈다는 표현?
이미지나 영상을 3D 세그먼트로 나눈다는 표현은 3차원 영상데이터 내의 관심대상을 정밀하게 구분하고 분리하는 과정이다. 이는 영상 내에서 각각의 조직, 장기 등을 독립적으로 식별하고 분석하기 위한 기초작업이다.
예시)
- 가상 시뮬레이션
3D 세그먼테이션을 통해 생성된 정밀한 3D 모델은 가상현실(VR)이나 증강현실(AR)과 같은 기술을 활용하여 실제와 유사한 환경에서 시뮬레이션을 가능하게 한다.
예를 들어, 의료교육에서 실제 수술과 유사한 환경을 제공하거나, 특정 치료방법의 효과를 가상으로 시험해볼 수 있다.
- 디지털 트윈
개인의 3D 의료영상데이터를 기반으로 생성된 디지털 트윈은 개인맞춤형 치료계획의 수립, 질병진행 예측, 치료방법의 최적화 등에 활용될 수 있다.
이는 실제 환자의 건강상태와 매우 유사한 가상모델을 생성하여, 보다 정밀한 의료서비스를 제공하는 데 기여할 수 있다.
의료 영상 세그먼테이션의 개념과 예시
의료 영상 내 특정구조(장기, 조직 등)를 식별하고 분리하는 과정이다.
이는 영상 내에, 관심있는 영역을 정확히 구분하여, 그 형태, 크기, 위치 등을 분석할 수 있게 한다.
세그먼테이션은 질병진단, 치료계획수립, 수술 시뮬레이션 등 다양한 의료적 응용에 필수적인 기술이다.
예시
주제
: MRI 영상에서 뇌 종양 세그먼테이션
문제정의
: MRI 뇌 영상에서 종양영역을 정확히 실별하고 분리하는 것
세그먼테이션 과정
1. 딥러닝모델( ex) 3D U-Net)을 사용하여 영상내에서 종양으로 추정되는 영역의 픽셀 또는 복셀을 분류한다.
2. 모델은 영상의 각 부분이 종양에 속하는지 아닌지 결정하여, 전체 영상 중, 종양부위만을 고립시킨다.
응용
세그먼테이션을 통해 얻어진 종양의 3D모델은 종양의 크기, 형태를 분석하고, 수술이나 치료계획을 수립하는 데 사용될 수 있다.
이러한 세그먼테이션 과정은 의료영상에서 정확한 진단정보를 추출하고, 환자 맞춤형 치료를 가능하게 하는 중요한 단계이다. 3D세그먼테이션은 특히 3차원 구조의 이해가 필요한 경우, 예를들어 복잡한 장기구조를 분석하거나, 정밀한 수술계획을 수립하는 경우에 매우 유용하다.
데이터의 깊이정보란?
2차원의 높이,너비에 더해, 깊이(또는 높이)정보가 추가된 것.
3차원에서 깊이(높이)정보는 객체가 공간에서 얼마나 멀리 또는 가깝게 위치하는지에 대한 정보이다.
깊이정보를 통해 물체의 형태와 공간 내에서의 위치를 정확하게 식별할 수 있다.
영상에서의 깊이정보란?
해당 영상을 구성하는 각 픽셀 또는 복셀이 실제 3차원공간에서 얼마나 깊은 위치에 있는지 나타낸다.
예를들어 카메라로 촬영된 영상에서, 각 픽셀의 색상정보 뿐만 아니라 카메라로부터 해당 픽셀까지의 거리(깊이)정보도 함께 기록되는 경우이다.
이를 통해 사물의 형태, 위치, 움직임, 거리 등을 더 정확하게 파악할 수 있다.
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